马店镇位于胶州市北部，距市中心11公里，周边与胶北镇、胶莱镇、胶东镇、北关街道办事处和高密市交界。该镇地处平原，地势平坦开阔，北依济青高速公路，距18号出入口1.5公里，南邻胶州湾高速公路，距铁路胶州站10公里，距青岛港码头60公里，黄岛前湾港38公里，距青岛国际航空港28公里。