硷基是指嘌呤和嘧啶的衍生物，是核酸、核苷、核苷酸的成分。DNA和RNA的主要硷基略有不同，其重要区别是:胸腺嘧啶是DNA的主要嘧啶硷，在RNA中极少见;相反，尿嘧啶是RNA的主要嘧啶硷，在DNA中则是稀有的。除主要硷基外，核酸中也有一些含量很少的稀有硷基。稀有硷基的结构多种多样，多半是主要硷基的甲基衍生物。