2001年，昌邑市进行行政区划调整：李家埠镇划归奎聚街道，青乡镇划归柳疃镇，南逄乡划归都昌街道，下营镇和东冢乡划归夏店乡，仓街镇划归围子镇，流河乡划归石埠镇，塔耳堡镇划归丈岭镇。

2006年，昌邑市辖2个街道、11个镇、2个乡：奎聚街道、都昌街道、柳疃镇、龙池镇、夏店镇、卜庄镇、围子镇、宋庄镇、石埠镇、饮马镇、北孟镇、岞山镇、丈岭镇、双台乡、太保庄乡。

2007年，昌邑市将2个街道、11个镇、2个乡调整为2个街道、6个镇、1个乡：撤销双台乡，併入都昌街道；撤销夏店镇，併入卜庄镇；撤销宋庄镇，併入围子镇；撤销石埠镇、岞山镇，併入饮马镇；撤销丈岭镇，将原丈岭镇的40个村与太保庄乡合併设立太保庄镇。

2007年，将太保庄镇、岞山镇、丈岭镇划归潍坊市峡山生态经济开发区。昌邑市面积由1578.7平方公里下降至1470平方公里。

2008年，将部分村庄的归属乡镇做了调整。比如原属于北孟的小营村划分给饮马镇。

2009年恢复下营镇，成立石埠经济发展区。

2010年，昌邑市撤销围子镇设立围子街道办事处。