1925年后，任河北省定县中华平民教育促进会试验区主任。1931年秋，应学友荐聘，回广州任建设厅农林局局长，兼岭南大学农学院教授、院长，以期用西方先进科技和管理方法，改良我国农业落后状况。

上世纪20年代末至30年代中，广东由陈济棠掌握军政大权。他为了养活庞大的军队和官僚机构，解决财政经济困难，增强对抗南京蒋介石中央的实力，授意省政府制订了一个以广州为中心建一批现代化工厂的《发展工业三年计画》。这份计画原没有糖厂项目的，正从菲律宾参加完一个国际会议后回国的省农林局局长冯锐此时提交了《复兴广东糖业三年计画》，恰成为工业计画的补充而被接纳。他的糖业三年计画，是从1934年至1936年兴办市头、新造、顺德、东莞、惠阳、揭阳六家糖厂，总日榨蔗能力高达7000吨，预算投资1975万元。而这笔庞大资金一时成了一大难题。冯锐在考察时获悉，时值第一次世界大战后，全球经济萧条，国际资本尤其是钢铁製造业苦无出路，他利用这一时机与美国檀香山铁工厂、捷克斯可达公司谈判，达成非常有利条件，建厂购置设备厂房的款项由上述两机构负责借贷融资，省银行担保，工厂生产后分20期偿还，顺利解决了建厂所需主要资金。

1934年12月10日，“市头制炼处”就在广州番禺市头村建成投产，这是中国内地首家现代化甘蔗製糖厂。冯锐任广东省蔗糖营造场经理，广东粮食调节委员会委员。冯锐大胆利用外资和引进西方先进技术，终于促成广东製糖业的飞跃式发展。更可贵的是，当时所办的糖厂及所培养训练的技术骨干，成为了新中国甘蔗糖业界的中坚，为我国製糖业发展作出了卓越贡献。

我国以甘蔗製糖，历史悠久，可上溯至汉代，但千百年来一直沿用牛拉石压，以古老方法生产土糖。引进西方技术，以现代化方法生产白砂糖，则自冯锐倡议并组织实施兴办广东六大糖厂始。因而在糖业界中，冯锐被尊称为我国现代蔗糖业之父。

正当新型製糖业逐步进入正常生产运作时，广东政局突发巨变，陈济棠联同桂系李宗仁、白崇禧倒蒋失败，他被迫下野，出走香港避难。原陈的部属余汉谋出任广州绥靖公署主任、代替陈济棠掌管广东军政大权。没了靠山的冯锐犹如断线风筝，加上冯锐在推行糖业统营政策时与余有结怨，于是被罗织贪污等罪状，1936年未经公开审判就被秘密处决。一个以为可以凭科技救国的知识分子就落得了这样可悲的下场，死时年仅39岁。