区域化备案管理是近年来国家质检总局对出口农产品质量安全的一项新要求。管理体系的主要内容是“在一定行政区域内，由地方政府主导，检验检疫部门引导推动，发动并整合工商、农业、公安、质监等行政管理和执法资源，使其分工协作、密切配合，做好区域内农用化学投入品的综合管理，推行出口农产品种养殖基地标準化，建立出口农产品质量安全追溯与监控、预警、评估控制体系，加强农产品安全突发问题应急控制以及区域内生产和管理人员全员参与的教育宣传培训，从而建立一个包含由政府部门严格履行安全监管职责的执法体系与依法种植和生产的安全生产体系有机结合的出口农产品质量安全管理体系。建立出口农产品质量安全区域化管理体系，从根本上规範区域内农业化学投入品的生产、经销与使用管理，彻底解决出口农产品的农药残留问题；也将通过推动种养殖管理科学化、集约化、规模化，改造传统农业、推动出口农业、发展现代农业，从根本上全面提升农产品的质量安全综合水平。