傅守正毕生后从事化学和生物化学研究，在医药生物化学、基础生物化学、蛋白化学与生物化学、蛋白与蛋白工程等诸多领域内获得70多项重大科研成果，特别是在儿童白血病和肿瘤研究与防治方面成绩卓着。从20世纪70年代开始，傅守正将研究重点转到了攻克老年白内障方面，在白内障蛋白组织研究方面取得重大突破，通过溶解消除障碍物来治疗白内障，这一研究成果处于国际领先水平。