中华人民共和国科学技术部重大专项司是机构改革后科学技术部的内设机构。

会同有关方面研究提出国家科技重大专项布局规划建议，拟订科技重大专项实施办法，审核实施计画，提出综合平衡、方案调整和相关配套政策建议，跟蹤和监督实施，协调解决重大问题，组织评估和验收。