纯德女子中学前身为淡水女学堂，创立于1883年，隔年1月正式开学，为台湾史上第一座女子学校。校址最初用作为传教，后由马偕创办学校。马偕逝世后，由其妻张聪明掌管。

1907年，改组为淡水女学校，在女学堂址继续办学。1922年10月，因应《台湾教育令》的颁布，私立教育机构禁止使用“学校”名称，遂改名为私立淡水女学院。1937年，台湾总督府修改教育法令而承认私立中学，因而立案改名为私立淡水高等女学校。

台湾光复后，台湾长老教会于1945年11月接收学校，改名为淡水女子中学。1947年7月，淡水女子中学与淡水中学校合併，分别改称淡江中学男子部与淡江中学女子部。1948年，男子部与女子部分开经营。1949年两校各聘校长，同年7月女子部正式改名为纯德女子中学。

1956年，男、女两校再度合併，即为今日之私立淡江高级中学。