水行政管理是指水行政机关依法对全社会的水事活动实施管理和统筹协调的总称。国家各级水行政主管部门依照法定的职能对防洪减灾、水资源开发利用和水环境保护行使的行政管理。

水行政主管部门的法定职能由各级人民政府按照水行政管理的需要以及当地的实际情况拟定并报同级人民代表大会批准后确定。按照水行政管理的职能以及精简、效能、统一的原则，各级人民政府都在政府组成部门中设定了水行政主管部门。在行政关係上，各级水行政主管部门隶属于同级人民政府，在业务关係上，各级水行政主管部门间具有指导和被指导的关係。

中国由于水旱灾害频繁，各朝代都把水利作为治国安邦的大事。历代政府多设定水官或管理机构，承担国家的水行政管理事务(参见中国历代水利职官)。历代政府还制定水利法规，用以规範各种水事活动。

中华人民共和国成立后设立了水利部，负责全国水行政管理，由于国家机构调整，其后也分别实施过水利与电力统、分的体制变化。在水利事业上也曾实行政企、政事不分的行业管理体制。

1978年中国共产党十一届三中全会提出政府工作法制化，从而奠定了水行政管理职能与水利其他事务相分离的基础。1988年《中华人民共和国水法》颁布后，国家进一步明确水利部是国务院水行政主管部门，行使水行政管理职能，逐步使政企分开。这种改革明确了水资源统一管理，加强了中国水资源的开发、利用、保护、最佳化配置以及防洪保全工作。

1998年，第9届全国人大第1次会议赋予本届中央政府水行政主管部门的主要职责是:统一管理全国水资源，组织、协调、监督、指导全国防洪工作，组织指导水利设施、水域及岸线的管理和保护，组织指导大江、大河、大湖及河口、海岸、滩涂的治理开发，组织全国水土保持工作，指导农村水利工作等行政职能。按国务院职能分工，内河航运、水力发电、水污染防治分别由交通、电力和环境保护部门管理。由于水行政管理体系由中央政府一直延伸到地方各级人民政府，各级水行政主管部门具有相同或相近的职能是统一水行政管理行为的基础，国务院水行政主管部门的职能对地方水行政主管部门职能的确立具有指导意义。

在中央一级，根据有关法律、法规和国务院的有关规定，水利部为国务院的水行政主管部门，其他如建设部、交通部、国土资源部、国家环境保护总局、国家海洋局、国家气象局等行政管理部门，按照国务院授予的职责也承担了部分与其主管业务相关的涉及水资源的行政管理职能。

为了对水资源的开发利用进行科学、高效的管理，实行以流域为单元的全面规划、统筹兼顾、综合利用、发挥水资源的综合效益、建立流域管理与区域管理相结合的管理体系，水利部在七大江河设定了长江水利委员会、黄河水利委员会、淮河水利委员会、海河水利委员会、珠江水利委员会、松辽水利委员会和太湖流域管理局等7个流域机构。流域机构为水利部的派出机构，代表水利部在所在流域内行使水行政管理职能。同时地方政府在本行政区域内也设定了流域管理机构。

地方人民政府的水管理体制是省(自治区、直辖市)水利(水务)厅(局)、地区(市)水利(水务)局、县(市)水利(水务)局、乡(镇)水利管理站。其中地区行署水利(水务)局是省级人民政府派出机构的水行政主管部门，乡(镇)水利管理站既是县(市)级水行政主管部门在乡镇的延伸，又是服务于当地的具有双重功能的基层水利组织。另外，新疆生产建设兵团也设有水利局，负责新疆生产建设兵团管辖範围内的水行政管理工作

中国的水行政管理体制从中央到地方具有明显的连续性和对应性。随着国家政治体制和经济体制的不断改革，水行政管理体制也经历了不断发展、完善的过程。但由于国家管理社会事务的有限性，水行政管理职能也仅涉及防洪、抗旱、治河、灌溉、槽运、建设等几个方面，管理主体主要为中央政府。除在中央设定了专职的水行政管理部门外，地方政府管理水事务的机构并不系统，有专职的也有兼职的，在全国没有形成完整的水行政管理体系。中华人民共和国成立后，为促进水资源的合理开发，加强水利管理，从中央到地方都设定了水利机构，并按水系先后建立了七大流域机构，并明确了职责划分。1988年《中华人民共和国水法》颁布后，中央和地方人民政府进一步明确了各级水利机构为同级人民政府的水行政主管部门，确立了水利部门在水资源管理和开发中的地位。中国正在逐步健全和完善水利部、流域机构和地方水行政主管部门分层次、分级管理的国家水行政管理体制。为适应水行政管理的要求，1998年以来，地方在水行政管理方面进行了许多探索，不少地区把涉及水资源开发利用的管理职责归併在一起，由一个部门进行全面的综合管理，即水务管理。