学院下设地质科学与工程、测量科学与工程、地理信息科学等3个系，工程地质与灾害、水文地质与环境、同位素水文、测绘工程、遥感与空间信息、地理信息科学与工程等6个研究所和地质工程、测绘工程、地理信息系统与遥感等3个实验室。拥有南京湖山、广东惠州、长江三峡、黄河小浪底等多个教学实习基地，并设有江苏省测绘实验教学示範中心、水利建设“3S”技术套用联合实验室（与香港理工大学共建）。

据官网资料显示，学院有教职工109名，研究生400余名，本科生700余名。教授21名，副教授34名。学院各专业为中国水利水电、土木、交通等行业培育了大批优秀人才，其中长江学者2名，地质大师2名，在国内外享有很高的声誉。

学院立足于解决水利水电、交通、能源、城建等行业中的重大工程问题开展研究工作，先后参与了长江三峡、黄河小浪底等十多个国家重大水电工程项目的建设，承担了江阴长江大桥、南京长江二桥和三桥、润扬长江大桥、苏通长江大桥、泰州长江大桥、沪宁高速公路、南京捷运等国家重大交通工程的重要项目。

学院承担科研项目120余项，获国家级和部省级科研成果奖50余项，发明及实用新型专利10余项，核心刊物论文700余篇，其中SCI/EI收录130余篇，教材及着作40余部。

地质科学与工程系，测绘科学与工程系，地理信息科学系，工程地质与灾害研究所

水文地质与环境研究所，同位素水文研究所，测绘工程研究所，遥感与空间信息研究所

地理信息科学与工程研究所，地质工程实验室，测绘工程实验室，地理信息系统与遥感实验室