（一）参与组织编制大江大河及重点河流、重要湖泊、国际河流规划及全国水利中长期规划；承担水资源规划、水资源保护规划、水土保持规划、防洪规划等全国性规划的编制；按规定许可权，承担规划成果及规划环境影响评价报告书（表）的预审、审查或批覆工作。

（二）负责组织工程规划和大、中型水利水电建设项目各阶段（项目建议书、可行性研究、初步设计等）报告的审查工作，承办初步设计报告批覆工作；承担水利水电建设项目水土保持方案、环境影响评价、水资源论证及相关规划环境影响评价报告书（表）等专题、专项报告的审查工作，负责部直属单位基础设施建设项目项目建议书、可行性研究、初步设计报告审查工作；组织重大设计变更、工程概算调整审查，承办重大设计变更批覆工作。

（三）参与研究提出中长期和年度前期工作计画及资金安排意见；承担年度前期工作计画执行情况检查、督促、统计等具体工作；负责有关规划计画项目任务书审查工作。

（四）组织编制水利水电（含水土保持）勘测设计技术标準，并组织实施和监督管理。

（五）负责水利勘测设计谘询资质及从业人员执业资格管理工作，参与勘测设计招投标等市场监督管理、建设项目水资源论证资质管理工作。

（六）负责水利勘测设计谘询质量管理与监督工作；负责水利勘测设计谘询行业的优秀成果评审工作；组织水利勘测设计谘询行业重大科技攻关和技术推广工作。

（七）负责全国水利勘测设计谘询单位业务工作的行业管理。

（八）承办部交办的其他事项。

第一阶段水利部工程总局前期（1951年11月——1969年6月）

1951年11月成立中央人民政府水利部工程总局（水利部[51]秘文字3922号）。成润、朱国华先后任局长。

1953年成立电力部北京水电设计总院。

1954年成立水利部勘测设计管理局。

1958年2月11日第一届全国人民代表大会第五次会议决定，水利部与电力部合併，成立水利电力部。同年3月水利部工程总局和电力工业部水电建设总局合併为水利电力部水工建设总局；水利部勘测设计管理局与电力部北京水电设计总院的一部分合併为水利电力部勘测设计总局（[58]水电厅秘文字第063号）。李化一任局长兼党组书记。

1958年8月28日水利电力部水工建设总局与水利电力部勘测设计总局合併为水利电力部水利水电建设总局。黄宇齐、朱国华先后任局长。黄育贤任总工程师。

1969年6月水利电力部水利水电建设总局被撤销。

第二阶段水利部工程总局后期(1975年9月～1994年11月)

1975年9月，为适应水利电力建设事业发展的需要，在部科学研究所的基础上，水利电力部决定成立水利电力部规划设计院（同时成立水利电力部科学研究院，[75]水电党字第47号）。李代耕任院长及党的核心小组组长，毛鹤年任总工程师。

1979年4月国务院决定撤销水利电力部，分别成立水利部和电力工业部。同时水利部成立水利规划设计院（水利规划设计管理局），人员编制180人。曹瑞峰任院长兼党组书记，崔宗培任总工程师。

1982年5月，水利部与电力工业部合併，重新成立水利电力部。水利电力部根据水利水电建设发展的需要，将原电力工业部水力发电建设总局、原水利部基本建设总局和水利规划设计院等三个单位合併，成立水利电力部水利水电建设总公司（事业单位）。水利水电建设总公司归水利电力部领导。王乾国任政治部主任，潘家铮任总工程师。

1986年10月1日，根据水利电力部“关于调整水利水电建设管理机构的通知”要求，水利电力部水电建设总公司进行机构调整，成立了水利电力部水利水电建设局，同时健全和加强水利电力部水利水电规划设计院。

1987年10月25日水利电力部水利水电规划设计院增挂水利电力部规划设计管理局的牌子（[87]水电劳字第73号）。1986年9月9日任命罗西北为规划设计院院长兼党组书记，何璟任总工程师。1987年5月23日任命朱尔明为院长兼党组书记。

1988年撤销水利电力部，成立能源部及水利部。水利电力部水利水电规划设计院更名为能源部水利部水利水电规划设计总院，归两部共管，以能源部为主（[89]能源人字第533号）。

第三阶段水规总院时期（1994年12月至今）

1994年8月5日，电力工业部、水利部宣布，将能源部水利部水利水电规划设计总院分为电力工业部水电水利规划设计总院和水利部水利水电规划设计总院。1994年12月23日水利部水人劳[1994]552号文批准成立水利部水利水电规划设计总院。