伦理学是学校在建的5个重点学科之一，2003年被批准为吉首大学首批六个具备招收硕士研究生资格的学科之一，依託政治与公共管理学院和伦理学研究所培养硕士研究生。

吉首大学伦理学研究所成立于2001年，2004年併入政治与公共管理学院。该学科现已建立起了一支科研能力较强、结构合理的学术队伍，研究所成员现已主持国家级、省部级科研课题30余项，发表学术论文150多篇，出版着作、教材20余部，获省部级及以上科研奖20多项。

伦理学原理、套用伦理学、民族伦理文化。伦理学原理方向坚持于适应地方经济社会发展的需要，从一个独特视角对伦理学原理及其套用进行研究，针对当今社会提出的重大现实问题，通过对隐藏于其后的伦理意蕴的揭示与理论提升，丰富和发展伦理学的基本理论内涵。套用伦理学方向在运用伦理学基本原理的基础上，注重套用伦理学的一般理论问题研究，针对社会现实问题，着力于行政伦理、生态伦理、法伦理、经济伦理、生育伦理等方面的深入研究。民族伦理文化研究方向着力于寻绎民族伦理文化形成的一般规律，挖掘民族文化中对现代社会具有借鉴价值的伦理智慧和伦理启示，揭示民族伦理文化与各民族人文精神的深刻关联及民族伦理文化的内在特质和发展趋向，研究民族传统文化的伦理思想资源对各民族的生产和生活的影响及其现代套用。

我国着名伦理学家、湖南师範大学博士生导师唐凯麟先生应聘为该学科特聘教授，德国着名经济伦理学家科斯洛夫斯基教授来校讲过学。学科成员多人次赴德国、日本、香港等国家和地区进行讲学、合作研究。