1632年（崇祯五年）朱聿键继为唐王，封地南阳。朱聿键在王府内起高明楼，延请四方名士。1636年（崇祯九年）八月，清兵入塞，克宝坻，直逼北京，京师戒严。朱聿键上疏请勤王，不许，乃自率护军千人北上勤王。行至裕州，巡抚杨绳武上奏，崇祯帝勒令其返回，后朱聿键因与农民军相遇交锋，两名太监被杀，乃班师回南阳。冬十一月下部议，废为庶人，幽禁在凤阳高墙。崇祯帝改封其弟朱聿鐥为唐王。1641年（崇祯十四年），李自成攻陷南阳，杀死朱聿鐥。

1644年（明崇祯十七年）正月，李自成在西安称帝，建国“大顺”，之后向北京进兵，三月十九攻克北京，崇祯皇帝朱由检自尽，明朝宗室及大臣多辗转向南走。此时李自成的“大顺”政权大体据有淮河以北原明朝故地，张献忠于八月成立的“大西”政权则据四川一带，满清政权则盘据山海关外的现今东北地区，且控制蒙古诸部落，而明朝则据有淮河以南的半壁江山。威宗在北京自缢殉国，五月初三，南京拥从洛阳逃出的福王朱由崧为监国，1644年6月19日(五月十五)日即皇帝位，改次年为弘光，实行大赦。在广昌伯刘良佐奏请下，囚于凤阳的朱聿键也被释，并封为南阳王。弘光帝的基本国策以“联虏平寇”为主，谋求与清军连合，一起消灭以李自成、张献忠为代表的农民军。
明朝南渡前后，大顺已被清朝击溃，李自成先后丢失北京和西安，退往湖北。1645年（弘光元年）三月，多尔衮将军事重心东移，命多铎移师南征。此时大明内部正进行着激烈的党争，暴发太子案，驻守武昌的左良玉不愿与李自成正面交战，以“清君侧”为名，顺长江东下逼进留都。马士英被迫急调江北四镇迎击左军，致使大明面对清军的江淮防线陷入空虚。史可法时在扬州虽有督师之名，却实无法调动四镇之兵。一月之中，清军破徐州，渡淮河，兵临扬州城下。四月廿五，兵部尚书史可法，在扬州率老百姓抗击清兵。后扬州城池破，清军屠城，扬州百姓死难八十万，史称“扬州十日”，是明季第一惨案。扬州城陷，史不屈遇害于梅花岭。随后，清军渡过长江，克京口镇江。安宗出奔芜湖。五月十五众大臣献南京投降清兵；五月廿二安宗被掳获，送往北京处死，安宗在位仅一年。
1645年闰六月唐王朱聿键在郑芝龙等人的拥立下，于福建福州称帝，即隆武帝，并迅速得到各省的承认，隆武帝是南明时期较有作为的一位皇帝，励精图治，关心百姓疾苦，一洗前人弊端，基本国策改以“御虏”为主。隆武帝在用人取捨上力戒门户之见，不咎既往，只要参与抗清就量才录用，其中福建的郑成功、广东的王兴因坚决抗清得隆武帝赏识和分封。

隆武二年（1646），隆武帝朱聿键在福建汀州被清军俘虏，绝食而亡，其弟唐王朱聿鐭率宗族随隆武朝官员苏观生、陈邦彦等隆武朝官员进军广东，準备在广州监国，却因其不是皇室直系亲藩遭到在广东的明朝老臣陈子壮的强烈反对而未果。逃亡于广西的桂王朱由榔因是明神宗的直系男性后裔而被两广总督丁魁楚、广西巡抚瞿式耜、巡按王化澄与吕大器等推举，迅速从广西梧州接送到广东肇庆监国，仅七天传来赣州失守，又举朝逃往梧州，无异于放弃广东。隆武朝大学士苏观生同广东布政使顾元镜、侍郎王应华等不得不在广州奉请隆武帝之弟唐王朱聿鐭监国，抢在朱由榔之前称帝，改第二年为绍武元年，其弟朱聿锷袭唐王，陈子壮被委为大学士兼兵部尚书，提点广东、福建、江西、湖广四省军务，陈子壮并不领情退居九江村。朱由榔得讯息返肇庆也宣布即皇帝位，改第二年为永曆元年，永曆帝也授陈子壮以东阁大学士，封兵、礼二部尚书的官职，领上方宝剑，总督广东、福建、江西、湖广军务，陈子壮因难为情而留家不上任，和弟弟陈子升毁家纾难，捐资募兵，在南海九江举旗誓师。永曆政权虽与绍武政权激战而败，却因清军乘机攻占广州而获解围。绍武帝及首辅苏观生自杀殉国，24名明室亲藩遇难，而唐王朱聿锷成功率其他宗族数十人从广州逃到新会，投奔抗清领袖黄公辅，永曆帝也离开肇庆再度逃回广西梧州。公辅将唐王藏在杜阮叱石北燕岩，以此号召忠义，鼓舞勤王将士斗志，北燕岩又称太子岩，清知县林凤翱获悉率兵到杜阮叱石搜捕王，却反遭公辅捕杀。王带着宗人在义军的护送下向台山大隆洞山区一带转移，而永曆帝以为肇庆失守又由梧州仓皇逃到桂林。隆武朝官员连城璧和农民起义领袖王兴在牛围山脚的寻皇村与唐王胜利会师，奉其为主，抗清名将陈奇策积极回响，率水师迎王移驻其所据的海岛下川，王与宗人停留过的地方被称为王府洲；而逃到桂林的永曆帝在刘承胤的劝说下，进驻全州（今广西全县）。陈奇策按王旨意，用战船护驾王移驻万山之中、四邻大海的王兴所据的文村；而到达全州的永曆帝发现刘承胤想把自己作为投降的礼物送给清军时，连夜逃出，经由靖州（今湖南靖县）逃到柳州。这一年，隆武朝的郑成功则避走金门，然后开始于沿海各地招兵买马、收编郑芝龙旧部，更在南澳募集了数千兵力，在小金门（今日金门县烈屿乡），以“忠孝伯招讨大将军罪臣国姓”之名誓师反清。也是这一年，清军大举入川，张献忠战死于川西凤鸣山，大西军余部由孙可望和李定国率领，进军云贵地区，作为根据地，一路攻克遵义、贵阳，进据云南。

1647年（永曆元年）正月，朱聿锷率宗族从广州逃到抗清名将王兴控制的今台山大隆洞地区，王兴奉其为主，用船经海路把他带到万山之中、四邻大海的文村(今台山汶村镇），在紧邻陈姓村落东边建唐王行宫和将军府等建筑物，将文村定为南唐王朱聿锷治下的首府，筑城墙、建城门、挖护城河，改名为“文安城”。朱聿锷亲封四道城门：东阳（意指唐王的权力来自东方。为唐王、将军和其他将臣出入之门）、南熏（纪念唐王从南海而来并让朱氏“三圣”即隆武帝、绍武帝和唐王之德义熏于乡。为唐王宗亲、将军族人和其他将臣家属出入之门）、西康（展现唐王希望臣民康居乐业的爱民之心。为陈姓村民出入之门）、北拱（表达唐王、将军所部北上抗清之决心。仅为哨所之门），奉永曆年号，用明朝服制，文村政权由此产生。王兴得主后大得人心，新宁南部的六村、田稠、沖柴等乡村都组织力量前来支援，在大塘抵御了清将张道瀛、郝尚文的数次进攻。相持几个月后，清提督李成栋带领大军来攻，朱聿锷、王兴部队部分人马突围转进海上。后来，朱聿锷、王兴部队又控制了海宴大部分地区和大隆洞，与占据下川作基地的陈奇策，互为犄角，保卫着汶村政权，继续抗清。而揭阳的益王朱由榛（1647）、夔州的楚王朱容藩（1649）称监国与永曆帝争立。朱成功也在南澳一度立淮王朱常清(1648)为监国。
1648年(永曆二年)，唐王朱聿锷积极联合农民军抗清，广大人民民众奋起支持。四月初十日，清朝广东提督李成栋在朱聿锷的感召下倒戈归明，并胁迫清朝两广总督兼广东巡抚佟养甲也反正，奉永曆年号。八月初一，朱聿锷令王兴迎永曆帝移驻肇庆并上表臣服，随后劝郑成功效仿，废除淮王朱常清监国，奉永曆年号。王兴因此受封为广、肇、会、宁、恩、阳总兵，领兵驻守恩平、新会、阳江等地，扩军屯粮，抗击清军。
1649年(永曆三年)十一月，清廷命令平南王尚可喜、靖南王耿仲明各率所部合兵2万，同征广东。1650年十一月二日，广州城陷。在广州保卫战中，陈奇策率领战船500余艘，由下川前去支援。他们在三水登入，作战失败，退回下川。广州失陷后，朱聿锷、王兴镇守恩平。
1650年(永曆四年)，朱聿锷、王兴意欲夺回广州，朱聿锷上表永曆帝封王兴为左军大都督，挂虎贲将军印。朱聿锷、王兴遂率军转战电白、两阳、三水、顺德等地，準备进攻广州，可惜孤军无援，无功而返，最后只得退回文村。
1651年(永曆五年)一月，不知好歹的清知县鲍之奇，竟敢到恩平就任，被朱聿锷、王兴守将何国佐、陈鹤仔当堂杀死了。此事激怒了尚可喜、耿仲明，派出大队兵马来攻。朱聿锷、王兴部队退出恩平城，到恩平、新宁边区活动。十一月，清总兵许尔显兵分3路进攻朱聿锷、王兴部队。朱聿锷、王兴部队机动作战，撤出根据地文村，保存实力。
1652年(永曆六年)，许尔显部一走，朱聿锷、王兴又控制了文村及外围的据点。朱聿锷、王兴在文村“熬海铸山，务农积粟”，发展製盐业，建仓库，铸刀枪，构筑沟垒；又礼贤下士，招兵买马，壮大自己。很快，朱聿锷、王兴就建立了一个拥有新宁、恩平两县南部地区的敌后政权。从此，文村成为李定国与台湾朱成功联络的中继站，双方使者不时经过这里。
1653年(永曆七年)三月，大西农民军李定国部由广西柳州兵分两路进军广东。李定国部攻打肇庆城40天不下，被清朝援军所败，退兵柳州。
1654年(永曆八年)李定国部二攻广东，连战皆捷。李定国大军前锋来到阳江，朱聿锷、王兴已集中兵力攻下了恩平城，活捉清知县王奇。李定国到恩平，令虎贲将军王兴率所部做开路先锋，开始进攻广州的海上门户新会城。又令凌海将军陈奇策率领舟师直捣江门。六月进攻新会时，文村大地主陈王道趁机派人到新宁城与清知县联络，向清朝告密，引清军攻打文安城，朱聿锷、王兴所部不得不回师出击清军及归附陈王道的横岗、那马、小担等村，夺回文安城，虽取得文村大捷，却造成进攻新会失利，得不偿失。八月攻占江门，击毙清广东水师总兵盖一鹏。因为陈王道投降，朱聿锷、王兴部无法全力以赴，造成广东久攻不下，战事陷入僵持。十月，李定国亲统联军猛攻新会，先后採取挖掘地道、大炮轰城、伐木填濠等战术进行强攻，都因守城清军负隅顽抗，未能得手。新会围困日久，粮食告罄，城中清军竟然屠杀居民为食。至十二月，清廷援军抵达，向明军发起总攻，明军抵敌不住，全线溃败。李定国撤回广西，朱聿锷、王兴复撤回文村。
1655年(永曆九年)，虽李定国战败撤出广东，但还有王兴、陈奇策、萧国龙、邓耀等人率领残部，退据深山或海岛继续坚持抗清斗争。朱聿锷、王兴退居新宁县的汶村，陈奇策退据新宁县下川岛，萧国龙退据阳江永丰寨，邓耀退据钦州龙门岛，成为广东最后抗清的几个据点。
1656年(永曆十年)，据守下川的陈奇策见广东抗清的大势已去，自动撤出，率兵西航，与退据龙门岛的邓耀会合去了。清平南王尚可喜趁机派兵进攻朱聿锷、王兴部队，但只能占领广海城；进一步西进，就遭到朱聿锷、王兴部队的抵抗，寸步难前。
1657年(永曆十一年)，尚可喜率兵三万围剿文村，相持数月，朱聿锷、王兴顽强抵抗，清军折兵万余而退，取得文村又一次大捷。朱聿锷的战将王兴因坚持抗战，累加官保柱国少师，晋广宁伯。同年，永曆帝确认朱聿锷的大哥隆武帝朱聿键已死，上庙号绍宗，改谥号为配天至道弘毅肃穆思文烈武敏仁广孝襄皇帝。
1658年(永曆十二年)，尚可喜乘台山饑荒率兵十万海陆围攻文村，从当年五月至翌年八月，围剿十五月之久。
1659年(永曆十三年)八月，城中粮尽，将士罗掘俱穷，树皮草根食尽，但朱聿锷、王兴部将士仍坚贞不屈，奋抗清兵，虽然山穷水尽，饿死者仍执戈缜目，并无一兵一卒叛逃。　
尚可喜乘朱聿锷、王兴之危，派遣谋士金光入文村招降。朱聿锷、王兴知道永曆帝在云南无法立足，已逃亡缅甸，大明危在旦夕，均决心以死殉国。他们接待了金光，又派使者去见尚可喜议降。降议已定，朱聿锷、王兴召集部下，分发钱财，勉励大家回乡耕田，待机而动。朱聿锷随之在三圣堂安排宗族潜逃，以“仲质”之名立德立言，令族人改随曾皇后姓，隐姓埋名；之后，安静地服毒而亡，以身殉国，得以不辱，其尸首葬于何处至今是个谜。王兴的儿子们逃走后，其妻也率15个妾自缢，王兴则将妻妾遗骸放置在火药上，引火自焚，追主而去，死事惨烈，古今罕见（1952年11月24日在广州河南南箕村附近的山上，发现了王兴坟墓和墓誌，还有其妻妾的遗物金耳环和金手钏）。至是，南明在广东最后一个抗清堡垒历时12年的文村政权宣告灭亡。

邵廷采曰：“唐王兄弟三人，皆儒雅有君人之度，与他藩绝殊”。不难看出朱聿锷并非流俗平庸的皇室一辈，一生顽强抗清，保家卫国。坚贞不屈的信念令人折服，最后以自尽的方式免去屈辱，可见朱聿锷性情之刚烈，情操之高尚。