1992年东兴口岸恢复为国家一级对外开放口岸，东兴边防检查站升格为正团级单位。

东兴市为国家重点开发开放实验区，地处广西北部湾经济区的核心区域和华南、中南、西南三大经济圈的结合部，是中国陆地边境线与大陆海岸线最西南端的交汇处，与越南芒街市隔河相邻，是中国唯一与东协陆海河相连的地区。独有的区位优势，使东兴成为了中国内陆进入东协最便捷的大通道、主门户、桥头堡。

东兴边防检查站就驻守在这样一个区位优势独特的边境城市，主要担负东兴口岸、防城江山边地贸口岸、东兴市边民互市贸易区的出入境人员及其行李物品、交通运输工具及其货物的边防检查和监护任务。2007年开展提高边检服务水平活动以来，截止今年3月份，东兴边防检查站共验放出入境旅客、员工2282万余人次，出入境车辆11万余辆次，出入境船舶近6万艘次，救助危难旅客1000余人次。年平均验放出入境旅客近400万人次，在现役边检站中位居广西第1位，全国前3位。