南京大学心理学系前身为南京高等师範学校心理学系。于1920年成立，建有心理实验室，是中国第一个心理学系。次年，随着高等师範学校改为大学，南高心理学系更名国立东南大学心理学系，隶属教育科，兼属文理科（文理科后分出理科）。

1927年后，国立东南大学更名为国立中央大学，潘菽先生留美回国，聘为心理学副教授，半年后升为教授，兼心理系主任。1949年，中央大学改称南京大学，潘菽任校长。1956年，南京大学心理系迁至北京，同中国科学院心理学研究室合併组建中国科学院心理学研究所，潘菽遂迁往，任心理学所所长。至此，南京大学心理学系停办。

1993年，南京大学社会学系成立了全国高校第一家社会心理学研究所，第一任所长为周晓虹教授，第二任所长为翟学伟教授。之后该所划入南京大学社会与文化研究中心至今。

2007年，南京大学社会学系开办心理学专业，开始招收本科生与研究生。2008年，社会学系改为社会学院，停办50年的心理学系重新成立，在研究生阶段分理论心理学与套用心理学两个方向，隶属社会学院，第一任主任为翟学伟教授，现任主任为周仁来教授。