即touchdown PCR，降落PCR。指每一个（或n个）循环降低1℃（或n℃）退火温度，直至达到一个较低的退火温度（touchdown退火温度）。然后以此温度进行10个循环。正确和非正确退火温度1℃差异将造成PCR产物量4倍的差异，如果相差5℃，就会产生4的五次方（1024）倍的优势，因此，相对于非正确产物，正确产物可以得到富集。退火温度起始在高于计算的Tm值15℃左右，再接下来的循环中，退火温度以每次1-2℃逐渐降低，直到Tm值以下5℃，当达到特异的引物-模板结合的Tm值时，扩增就会开始。当退火温度降到非特异扩增发生的水平时，特异产物会在与非特异扩增的竞争中胜出，成为主导的扩增产物避免非特异扩增产物的出现。此法扩增可利于PCR产物纯化。

平时我们先用高温扩5~10个循环，再用低温扩增 15~25个循环，这样也是广义上的touchdown。原理就在于，温度的升高提高了PCR扩增的特异性，但也提高了引物结合的难度，降低了扩增的效率，因此一开始先用高温扩增，保证扩增的严谨性，待目的基因的丰度上升后，降低扩增的温度，提高扩增的效率（此时非特异的位点由于丰度低，无法和特异位点竞争）