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简併引物

简併引物

简併引物是指代表编码单个胺基酸所有不同硷基序列可能性引物的混合物。PCR为了增加特异性,可以参考密码子使用表,根据不同生物的硷基使用偏好,减少简併性。简併度越低,产物特异性越强,设计引物时应儘量选择简併性小的胺基酸,并避免引物3’末端简併。

基本介绍

  • 中文名:简併引物;兼併引物
  • 外文名:Degenerate Primer
密码简併性表
胺基酸 密码子数 M、W 1 个;C、D、E、F、H、K、N、Q、Y 2个; I 3个; A、G、P、T、V 4个; L、R、S 6个
(注:选择使用的肽链最好避开有4~6个密码子的胺基酸)
核苷酸链中除出现正常的A、T、G、C四种硷基符号外还出现如R、Y、M、K等其它字母(其中R=A/G,Y=C/T,M=A/C,K=G/T,S=C/G,W= A/T,H= A/C/T,B= C/G/T,V=A/C/G, D=A/G /T,N=A/C/G/T)。

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