1901年，由蔡元培先生组织的中国教育会，创办男学与女学，至12月2日爱国女学正式开学上课。此为民主革命派创办的第一所女学，具有解放女性、反对封建,争取民主的爱国思想,亦为革命党的秘密联络机关.黄兴、徐锡麟、秋瑾、陶成章等来女学与蔡先生讨论革命工作,还介绍女学学生参加同盟会与秘密小组.

嗣后历经几任校长的更替,倾力经营,学校规模有所扩充,学科设有本科、预科、文科、体育科等,学生已增至数百人,为社会所重视.学校性质始脱离革命党秘密机关而入于纯粹教育事业之时代.

1927年爱国女学改为爱国女子中学.季融五先生主校时,四出奔走,集资于江湾尘园自建校舍,设备齐全.高中部增设师範科.然1932年"1.28"事变,日寇炮火将江湾校舍付之一炬,积三十年来的文物卷宗损失殆尽.季融五心力交瘁因而患病辞职,不久逝世.后孙翔仲先生接任校长,励志奋发,集资于废墟上重建校舍,添置校具.重建后之校舍更为宽敞堂皇,设备完善,为沪上女校所仅有,一时负笈来学者几遍全国.1934年季达主校,将体育科改为体育师範科,学生三百余人,校内辟运动场,体育成绩与年俱进,驰名沪上.惜战火再度爆发,江湾校舍尽毁,遂迁至南阳路,直到1938年始复旧观,并添设高中商科,高级缝绣科.1940年季校长病故,并把个人寿险万二千金悉数捐赠学校以作奖学基金.

学校学生参加了辛亥革命,参加了五四运动,在抗日战争中我校很多学生投笔从戎,奔赴前线.如学生张琴秋在长征中任红军妇女独立团团长.学生李林学业未竟便投身抗日前线壮烈牺牲,年仅二十四岁,被贺龙同志誉为"我们的女英雄".学校在三十年代便已建立地下党支部,在学生中开展革命工作.至解放前夕,地下党支部为迎接上海解放作出了贡献,受到上级党组织的表扬.

解放后,1956年学校改为公立,在文化大革命时期改为上海市爱国中学,男女兼收.1980年7月与卫星中学合併,扩大了学校规模,加强了师资力量,改善了办学条件.1995年区教育局又将陕南国小校舍作为我校分部.

学校认真贯彻执行党的教育方针,继承蔡元培先生"造成完全人格"的办学宗旨和传统,大力推进素质教育,坚持以德育为本,充分运用校史资源,以爱国主义教育为主旋律,以教学科研为抓手,形成了"播爱国心,育爱国人"的学校德育工作的特色.先后被评为"上海市中国小德育工作先进单位","上海市行为师範示範校".

1991年学校被列入"中国名校"行列.