1985年，河套大学建立，填补了巴彦淖尔高等教育的空白。

1986年4月，原国家副主席乌兰夫亲笔为学校题写了校名。

2000年4月，经自治区人民政府批准，决定巴盟教育学院、巴盟师範学校併入河套大学。

2004年初，经盟委、行署决定，自治区人民政府批准，决定将巴盟电大、巴盟财校、巴盟卫校、巴盟农牧学校、临河水校併入河套大学。

2006年，河套大学接受了教育部高职高专院校人才培养工作水平评估，多数指标达到“优秀”，整体取得“良好”成绩。

2007年，巴彦淖尔市启动了河套大学申办本科教育、全面提升河套大学办学水平的工程。

2010年10月，巴彦淖尔市委、政府决定在双河区新建河套大学。

2012年3月29日，经教育部批准升格为本科层次的河套学院。

据2016年8月学校官网显示，该校下设蒙古语言文学系、汉语言文学系、外国语言文学系、理学系、机电工程系、土木工程系、农学系、医学系、经济管理系、艺术系、马列教学部、体育教学部等12个教学单位，附设继续教育学院、中等职业技术学校和科兴驾校。

据2016年8月学校官网显示，有教职工962人，专任教师509人，有教授、副教授177人，具有硕士、博士学位的教师193人。现已形成了以文学、理学为主，以农学为特色，工学、教育学、管理学、艺术学、医学等多学科协调发展的学科体系。拥有自治区高等学校教学团队5个、教学名师7人、自治区教坛新秀3人。自治区科技特派员4人、巴彦淖尔市科技特派员14人。

据2016年8月学校官网显示，该校已建成自治区级品牌专业13个；自治区级精品课程19门；自治区优质精品课程2门。

自治区级品牌专业：电气自动化、旅游管理、畜牧兽医、道路桥樑技术、计算机套用技术、建筑工程技术、美术教育、英语教育、会计电算化、护理、语文教育等

自治区级精品课程：英语听力、预算会计、水利工程製图、线性代数、中国古代文学、财务会计、护理学基础、马克思主义哲学、工程力学、建筑材料、英语泛读、经济法、内科护理学、基础会计、中国当代文学作品选、英语精读、心理学、法学概论、蔬菜生产技术

校级品牌专业：电气自动化、市场行销、音乐教育、畜牧兽医、道路桥樑技术、美术教育、计算机套用技术、学前教育、建筑工程技术、旅游管理、作物生产技术、语文教育、数学教育、思想政治教育、护理、会计电算化、英语教育、套用电子技术

截至2012年，该校建成了33个校内实训基地和实训中心及194个校外实习实训基地，仅在巴彦淖尔市就有内蒙古中粮番茄製品有限公司、河套酒业集团、秋林公司等实习实训基地120个。还与区内外315家大中型企业签订人才培养协定，2010年顶岗实习率为84.22%，顶岗实习就业684人，顶岗实习录用率34.27%。。

截至2012年，该校被列为自治区政府自然科学基金项目1项；被自治区科技厅批准立项项目1项，被教育厅批准立项教科研项目23项，被自治区教育科学规划办批准立项项目12项，另有国家社科基金“十一五”规划国家级课题子课题10项。教师出版着作及编写出版教材102部（本），在省级以上学术刊物上发表论文486篇，校企合作开发教材10种。主动承担了包括“河套文化”、“乌拉特文化”在内的区域特色文化研究和传承任务。2009年进行的“河套地区基质选配及麦葵（米）两茬田多熟制模式研究”项目试验获得成功，为实现粮食一熟向粮经两熟转变和基质生产本地化奠定了基础。

据2015年5月学校官网显示，该校升本后，共获得了各级各类科研立项109项。其中学校教师主持单项重大科研项目突破1000万元。荣获国家级各类教科研奖励34项、自治区级各类奖励35项，2013年成为国家自然科学基金依託单位。

截至2012年，该校成立了河套文化研究所、河套人文学院、内蒙古岩画研究院、乌拉特文化研究所、河套番茄研究中心、胚胎移植研究中心等研究机构。

截至2016年8月，该校图书馆共有各类藏书80.9万册，纸质图书52万册，电子图书23万余册。馆藏中有《四库全书》1501册、《古今图书集成》164册、《四部丛刊》158册、有珍藏价值古籍线装书1300余册。

购置了“中国知网” 资料库和超星电子图书等电子资源；有针对性的大量採集汉语言文学、英语、数学、美术、农学、畜牧兽医、农田水利、学前教育、套用化学、护理学、财务管理等专业的图书；使用Aolong图书管理系统，建立了文献资料资料库。

校训：仰望星空 脚踏实地

校风：培育高尚 追求卓越

教风：严谨治学 诲人不倦

学风：明德励学 笃行至善

截至2014年5月，该校建有轮滑社、众品社、自强社、梦飞社、新闻学学会、青年志愿者协会、女子军乐队等学生社团。

2014年5月19日，为期半个月的河套学院“魅力社团·文化校园”首届学生社团文化节举办。另外还举办有宿舍文化节、大学生辩论赛、校园歌手大赛等活动。

党委书记：王贵印

党委副书记、院长：赛音德力根

党委副书记 、纪委书记：刘俊芳

党委副书记、副院长：石文清、张高明