办公室、规划与信息科、财务科、卫生应急办公室（市突发公共卫生事件应急指挥中心、疾病控制科（卫计综合监督科）、爱国卫生运动委员会办公室、医政科（市药品集中採购管理办公室）、中医药科（科技教育科）、基层卫生科与妇幼保健服务科、计画生育基层指导科（宣传科）、计画生育家庭发展科（政策法规科）、流动人口计画生育服务管理科、行政审核审批科、人事科、保健办公室（市保健委员会办公室）、系统党委及其办公室（卫生产业工会）、卫计委机关党委。

2018年5月28日，入选中共福建省委文明办“第十三届福建省文明单位”候选名单，并向社会公示，接受民众监督。