上海市教育科学研究院高等教育研究所创建于1980年，经原上海市高等教育局批准成立，是全国最早建立的高等教育研究机构之一。1995年併入上海市教育科学研究院。上海市教育科学研究院高等教育研究所所内除研究室、《中国高等教育评估》杂誌编辑部、行政办公室、信息与技术保障室等机构外，还包括多个挂靠在本所的部市级研究中心或研究机构：教育部国际教育谘询与研究中心、上海市教育法制研究与谘询中心、上海市台湾教育研究中心、上海市教育史志办公室、上海市高校后勤社会化改革研究中心。

上海市教育科学研究院高等教育研究所是与复旦大学、上海交通大学、上海财经大学、上海理工大学等校建有研究生协同式培养关係的单位，有上述院校所聘研究生导师3人，联合培养硕士研究生11人；并与上海电机学院、上海商学院、复旦大学上海视觉艺术学院建有合作研究基地关係。高教所现在编人员18人，其中，研究员4人，副研究员4人，助理研究员6人。现有博士5人，硕士5人。