1950年6月，南京市人民政府决定重新划分城郊区。玄武区（时称第一区）境以旧一区为基础，划出中山东路以南，逸仙桥以东地区，增加原属旧六区的中央路以东、玄武门以南地带及玄武湖之全部，又增加原属旧十区的岗子村至太平门以西地带，建为新一区。原九区改为八区，今红山、锁金村街道地区和玄武湖街道部分地区改属新八区。原十区撤销，以原辖区内的中山陵园及周围地区新建中山陵园区，今孝陵卫街道地区和玄武湖街道部分地区，改属中山陵园区。秦淮区称第三区，区域以旧四区为基础，增加旧三区之大部分及十一区一部分。白下区称第二区，原一区的大光路、光华门、御道街地区和原三区的砂珠巷、承恩里、慧园街地区划归二区，第二区面积为8.28平方公里。当时第二区东至中山门古城墙，同今栖霞区接壤；南至建康路、通济门一线，隔秦淮河与今秦淮区、雨花台区相邻；西至中山南路、马巷一线，与今建邺区相望；北至中山东路与今玄武区接界。

1951年5月，区内开始建立居民委员会，在区政府派驻各派出所的民政干部指导下，协助政府开展工作。

1953年1月1日，江苏省人民政府正式成立，以南京市为江苏省省会。

1955年6月，第一区人民政府改称第一区人民委员会；8月，第一区改称玄武区，第八区改称燕子矶区，中山陵园区名称不变。今区境分属玄武区、燕子矶区和中山陵园区管辖。

1955年9月，玄武区成立新街口、大行宫、香铺营、四牌楼、丹凤街、玄武门、太平门、太平桥8个街道办事处，作为区人民政府派出机构，办理区政府交办的事项，指导玄武区65个居民委员会的工作。

1957年10月，香铺营街道办事处撤销，所属居民委员会併入新街口、丹凤街、四牌楼3个街道办事处。

1958年7月5日，江苏省人民委员会通知：为适应“大跃进”形势的需要，将镇江专署的江宁县，扬州专署的江浦、六合两县，划回南京市领导。南京市遂辖有江宁、江浦、六合3县；11月，4个郊区建制撤销，合併为“大郊区”，今区境原属中山陵园区和燕子矶区的地区，划归郊区管辖。

1960年4月，街道办事处合併改建为新街口、丹凤街、梅园新村3个分社；5月在市级机关及周围单位单独成立北极阁分社；5月7日，成立玄武人民公社，公社和分社均实行政社合一，65个居民委员会合併为19个街道委员会；8月，雨花台区的板桥公社划归白下区管辖；9月，撤销“大郊区”，原郊区的龙潭、十月、紫金山3个农村人民公社，划归玄武区管辖。

1961年，改新街口、丹凤街、梅园新村3个分社为3个街道办事处，19个街道委员会也调整为54个居委会，从此政社分开。1961年6月，玄武区兼辖郊外栖霞镇（包括摄山）、孝陵卫镇和龙潭镇。1962年8月，人民公社、分社撤销，恢复新街口、香铺营、梅园新村（原大行宫）、太平门、丹凤街、四牌楼、玄武门7个街道办事处。

1962年6月25日，江苏省人民委员会通知：为恢复和发展农业生产，将市属各县仍划归原属专员公署领导。自此时至1971年初，南京市暂无下属县；7月，市郊区办事处成立，原郊区3个人民公社及3个镇复划归市郊办；8月玄武人民公社消失，恢复玄武区人民委员会，白下区板桥公社复归雨花台区。

1963年4月，恢复设立燕子矶、栖霞、雨花、江东、陵园5个郊区建制。市郊农村人民公社复由各郊区管辖。7月，陵园区（辖紫金山人民公社和孝陵卫镇）改称中山陵园区。

1965年5月，5个郊区合併为雨花台和栖霞2个区，中山陵园区划归栖霞区管辖。

1968年3月，各街道成立革命委员会（简称革委会）。同年8月，将7个街道革命委员会合併为长江路、梅园新村、丹凤街、太平门、要武门5个街道革委会。

1970年1月，经江苏省革命委员会批准，南京市成立钟山区，将紫金山公社、马群公社、玄武湖公社、孝陵卫镇和陵园管理处划归钟山区管辖。

1971年3月12日，经中共中央和国务院批准，江宁、江浦两县划回南京市管辖。

1975年4月，撤销钟山区，原辖地改归栖霞区管辖。

1975年11月，国务院批准将六合县划回南京市领导。

1979年至1982年初，原雨花台区所属的象房新村、友谊村、通济门大街划归白下区，南部地域延伸至中和桥，白下区面积扩大到8.732平方公里。

1980年12月，因后宰门住宅小区建成，入住人口增加，将原太平门街道办事处撤销，改为后宰门和兰园2个街道办事处。

1983年3月1日，原属镇江专署的溧水、高淳两县划回南京市。南京市形成6城区、4郊区、5县的区划格局。

1984年2月，小市镇的韶山路、玄武新村两个居委会和玄武湖大队、岗子村、新庄村等地段（包括南京林业大学、锁金村），从栖霞区划归玄武区，玄武区面积扩大到17.5平方公里，锁金村地区划归玄武区管辖后，又增设锁金村街道办事处，使玄武区街道办事处增加到9个。

1987年12月，新街口与香铺营街道办事处合併为新街口街道办事处，丹凤街与四牌楼街道办事处合併为丹凤街街道办事处。

1995年4月，南京市区划调整，将原属鼓楼区的中央路东侧的廖家巷、大树根、后大树根、中央门4个居委会划入玄武区；将玄武湖镇、孝陵卫镇（苜蓿园、后庄村除外）以及小营、红山、藤子3个行政村和伊刘苗圃、中山陵园风景区，从栖霞区划归玄武区管辖。至此，玄武区面积达80.97平方公里，成为当时南京市面积最大的城区。

1995年，南京市明确为副省级市，市辖区为副厅级，调整市区行政区划。将雨花台区石门坎镇，栖霞区孝陵卫镇的苜蓿园、后庄2个行政村，划归白下区管辖。秦淮区：将雨花台区红花镇和大校场机场用地範围，划归秦淮区管辖。建邺区：将雨花台区江东镇所辖的河南、所街、兴隆、向阳、东林5个行政村和仁东桥、棉花堤、螺丝桥3个居委会，以及原茶亭行政村，划归建邺区管辖。鼓楼区：将雨花台区江东镇建制及江东镇所辖的清江、江东、河北3个行政村和中保村南半部分，以及江东门、新河口、二道桥3个居委会，划归鼓楼区管辖。下关区：将雨花台区江东镇中保村北半部分和栖霞区的小市镇、迈皋桥镇的五塘村归下关区管辖。雨花台区：将江宁县东山镇的农花村，江宁镇的永安、孙家、邵庄、新建、三山5个行政村和谷里乡的梅村用地範围，划归雨花台区管辖。

1996年3月，在3个行政村领辖範围设立红山街道办事处。同年12月，撤销孝陵卫、玄武湖镇建制，改设孝陵卫街道办事处和玄武湖街道办事处。

2001年1月，江宁撤县建区。

2002年3月，下关区撤销车站街道、中山桥街道，合併设立阅江楼街道；撤销小市街道，设立小市街道、幕府山街道。调整后，下关区辖6个街道：阅江楼街道、热河南路街道、幕府山街道、建宁路街道、宝塔桥街道、小市街道，驻地阅江楼街道。同年4月，原大厂区、六合县撤销，成立新的六合区；原浦口区、江浦县撤销，成立新的浦口区。同年10月，经省人民政府批准，南京市对白下、建邺、鼓楼和雨花台4区的部分行政区划作出调整。具体调整方案为：将雨花台区，沙洲、双闸2个街道办事处秦淮新河以北地区及其建制划归建邺区管辖；将鼓楼区汉中门大街及其西延至长江以南地区划归建邺区管辖，其中，江东北路—江东南路以西部分归建邺区兴隆街道办事处管辖，江东北路—江东南路以东、集庆门大街以北部分归南湖街道办事处管辖，江东南路以东、集庆门大街以南部分归南苑街道办事处管辖。将建邺区朝天宫、止马营2个街道办事处划归白下区管辖。将建邺区莫愁湖街道办事处汉中门大街及其西延至长江段以北部分划归鼓楼区江东街道办事处管辖；汉中门大街以南部分划归建邺区南湖街道办事处管辖。雨花台区沙洲、双闸2个街道办事处秦淮新河以北地区划归建邺区管辖后，原沙洲、双闸2个街道办事处秦淮新河以南地区划归雨花台区西善桥街道办事处管辖。区划调整后，新的建邺区将覆盖整个河西地区，与鼓楼、白下、雨花台3个区基本上以河、路分界。调整后，建邺区面积82平方千米，人口24.46万人，辖7个街道；白下区面积28平方千米，人口48万人，辖10个街道；雨花台区面积134.6平方千米，人口22万人，辖7个街道；鼓楼区面积30平方千米，人口60万人，辖6个街道。

2012年，将梅园新村街道北京东路以北的公教一村社区和后宰门街道龙蟠路以北以西的辖区部分（太平花园小区）划归玄武门街道管辖，将调整后的梅园新村街道与后宰门街道合併设立新的梅园新村街道。调整后，玄武区辖7个街道：梅园新村街道、新街口街道、玄武门街道、锁金村街道、红山街道、孝陵卫街道、玄武湖街道。

2012年7月，雨花台区街道区划调整，宁南街道办事处与雨花新村街道办事处合併，新组建为“雨花街道”。以雨花南路为界，将雨花南路以北的原雨花新村街道辖区範围划入新组建的雨花街道，将雨花南路以南的原雨花新村街道辖区範围划入赛虹桥街道。调整后，雨花台区辖雨花、铁心桥、板桥、西善桥、赛虹桥、梅山6个街道。同年8月，下关区将幕府山街道原张王庙社区的孙家洼路以南划入小市街道；将幕府山街道原白云新寓社区的五塘村1号划入宝塔桥街道；将小市街道河路道社区的汽轮五村（託管）、汽轮七村，安怀新村社区的军犬队家属区、绿苑小区、防化大队小区、一乾所、北崮戎院、安怀村455号小区、军械弹药修理所家属区、总装试验场宿舍、六乾所、南汽宿舍及安怀东路以北散居划入幕府山街道。

2013年2月，原秦淮区、白下区撤销，成立新的秦淮区；原鼓楼区、下关区撤销，成立新的鼓楼区；溧水、高淳撤县建区，南京市共有11个区。

2015年7月，江苏省政府公布《关于调整南京市溧水区和高淳区部分行政区划的批覆》，同意撤销溧水区永阳镇、柘塘镇、高淳区淳溪镇、古柏镇，分别设立溧水区永阳街道、柘塘街道、高淳区淳溪街道、古柏街道。

2018年3月，为更好地传承和弘扬历史文化、提升老下关历史文化旅游资源和知名度，助推老下关滨江岸线建设和拥江发展，阅江楼街道更名为下关街道。同年5月15日，江苏省政府公布《关于调整南京市溧水区部分行政区划的批覆》，同意撤销溧水区东屏镇、洪蓝镇、石湫镇，分别设立东屏街道、洪蓝街道和石湫街道。

2019年1月28日，江苏省政府公布《关于同意调整南京市高淳区部分行政区划的批覆》，高淳区的漆桥镇、东坝镇、桠溪镇、固城镇撤销，分别设立漆桥街道、东坝街道、桠溪街道、固城街道。

2020年3月，南京市人民政府同意雨花台区新设立古雄街道，古雄街道行政区域：东至江宁区行政区划边界，南至古雄社区和新建社区界沿绿洲机器厂北围墙至梅山街道上怡二村北边界，西至宁芜铁路边界，北至西善桥街道边界。管辖大方、古雄、柿子树、新林4个居委会。行政区域面积11.29平方公里，户籍人口3.12万人，常住人口约6万人。古雄街道办事处驻新湖大道16号。

玄武区面积80.97平方千米，人口46万人。邮政编码210018。区人民政府驻梅园新村街道。

秦淮区面积49.2平方千米，人口24万人。邮政编码210002。区人民政府驻五老村街道。

鼓楼区面积53.1平方千米，人口66万人。邮政编码210009。区人民政府驻宁海路街道。

建邺区面积82平方千米，人口18万人。邮政编码210019。区人民政府驻沙洲街道。

栖霞区面积355平方千米，人口39万人。邮政编码210046。区人民政府驻仙林街道。

雨花台区面积132.39平方千米，人口46.39万人。邮政编码210012。区人民政府驻雨花街道。

浦口区面积913平方千米，人口48万人。邮政编码211800。区人民政府驻江浦街道。

江宁区面积1573平方千米，人口78万人。邮政编码211100。区人民政府驻东山街道。

六合区面积1484平方千米，人口86万人。邮政编码211500。区人民政府驻龙池街道。

溧水区面积1067平方千米，人口42万人。邮政编码211200。区人民政府驻永阳街道。

高淳区面积801平方千米，人口42万人。邮政编码211300。区人民政府驻淳溪街道。