馆内展示内容包括贝壳标本600多个品种近7000枚，活珊瑚150多个品种，其他海洋无脊椎动物近200只，是目前全国最大的贝类珊瑚馆，同时也是全国首家以展示海洋软体动物贝类、珊瑚为主题的新概念海洋生物馆。

该馆以海岸—浅海—深海为主线，通过模拟海洋生态景观设定了7个展区，各展区由浅到深地介绍海洋各生态系统的生存状态，着重突出软体动物贝类及珊瑚的生活习性，以此强调这一生态环境的脆弱，增强人们热爱和保护海洋的意识。

该展馆还拥有世界最大的珊瑚生态展示缸。展馆内的红树林景区设计亦属全国首创。