控制区又称D-环区，位于tRNA-Pro和tRNA-Phe之间，是整个线粒体基因组序列和长度变异最大的区域，属非编码区。由于其机构和进化上的特点，mtDNA在系统发育、演化及遗传多样性等方面得到了广泛的套用。