1547年宪宗死后继位，改元永定。泗阳侯范子仪在御天华阳立弘王莫正中为帝，与莫福源争夺皇位。莫福源派遣谦王莫敬典、西郡公阮敬前往讨伐，为其所败。范子仪挟持莫正中据安广地方，洗劫海阳省一带并劫掠明朝的广西、广东一带。莫福源不能制，甚至在1549年一度弃升龙城出逃。直到1551年，莫敬典才擒杀了范子仪。莫正中流亡明朝。这次内乱使莫朝元气大伤，后黎朝的郑检趁机煽动莫朝将领黎伯骊、武文密倒戈讨伐莫朝。莫福源出奔金城（今越南海阳省金城县），留莫敬典率兵在升龙防御，击退了郑军。此后，莫朝又与后黎朝多次发生交战，互有胜负。

1561年，莫福源去世，庙号宣宗，谥号睿皇帝。其子莫茂洽（莫英祖）继位。