阿方索三世是葡萄牙国王阿方索二世的幼子，母亲为卡斯蒂利亚公主乌拉尔卡。他的年轻时代的大部分时间在法国度过。1238年，他与布洛涅伯国的女继承人玛蒂尔达结婚，因此继承了布洛涅伯爵的爵位。

1246年，阿方索的弟弟、葡萄牙国王桑乔二世与教会发生严重冲突。教皇英诺森四世宣布废黜桑乔二世，并指定阿方索取代其地位。阿方索没有拒绝教皇的好意，他立刻返回葡萄牙进行与桑乔二世的斗争。他与桑乔二世进行了两年的封建混战，最终于1248年推翻后者夺取了王位。

为了登上葡萄牙王位，阿方索三世放弃了布洛涅伯国，更在1253年与玛蒂尔达离婚。他接着娶了卡斯蒂利亚国王智者阿方索十世的私生女布里特斯为王后。

1250年至1251年，阿方索三世征服了葡萄牙境内的最后一个摩尔人王国阿尔加维，完成了葡萄牙的收复失地运动。69岁死后由迪尼什一世即位。